Важливим завданням організації науково-дослідної роботи навчального закладу є його співпраця з іншими установами та організаціями. Сумський національний аграрний університет проводить спільні наукові дослідження як з науковцями, що представляють вищі навчальні заклади, так і з установами Національної академії наук України та Національної академії аграрних наук України. Особлива увага приділяється співпраці з науковими школами близького та далекого зарубіжжя.

Установи Національної академії наук України

ДУ "Інститут економіки та прогнозування НАН України"

Установи Національної академії аграрних наук України

Національна академія аграрних наук України 

Інститут тваринництва

Інститут експериментальної та клінічної ветеринарної медицини

Державний науково-контрольний інститут біотехнології і штамів мікроорганізмів

Державний науково-дослідний контрольний інститут ветеринарних препаратів та кормових добавок

Інститут олійних культур

Інститут захисту рослин

Інститут аграрної економіки

Інститут картоплярства

Інститут сільського господарства Північного Сходу 

Закордонні навчальні заклади та наукові установи

Австрія

Університет природокористування та природничих наук

Азербайджан

Національна академія наук Азербайджану

Білорусь

Білоруський державний аграрний технічний університет

Гродненський державний аграрний університет

Білоруська державна сільськогосподарська академія)

Болгарія

Аграрний університет Пловдіва

Вірменія

Національний аграрний університет Вірменії

Італія

Університет Молізе (Італія)

Казахстан

АО Казахський агротехнічний університет ім. С.Сейфуліна

Канада

Університет Саскачевану

Китай

Гуйчжоуський університет

Гуйчжоуський картопляний науково-дослідницький інститут

Аграрний центр впровадження та наукових досліджень муніціпалітета Динксі

Монголія

Монгольський державний аграрний університет

Німеччина

Університет прикладних наук Вайнштефан-Тріздорф

Університет економіки та навколишнього середовища Нюртенген-Гайсинген

Польща

Вармінсько-Мазурський університет в Ольштині

Природничий університет в Познані

Технологічно-природничий університет ім. Я. і Є. Снядецьких в Бидгощі

Аграрний університет в Кракові

Російська Федерація

Саратовський державний аграрний університет ім. М.В.Вавілова

Курська державна сільськогосподарська академія ім. І.І.Іванова

Нижегородський державний інженерно-економічний інститут

Білгородська державна сільськогосподарська академія ім.. В.Я.Горіна

Орловський державний аграрний університет

Бурятська державна сільськогосподарська академія ім. В.Р.Филипова

Сполучені Штати Америки

Державний університет штату Огайо

Державний університет штату Мінесота

Словаччина

Словацький аграрний університет в Нітрі

Вища школа міжнародного управління ISM 

Таджикистан

Таджикський аграрний університет

Франція

Національний інститут агрономії, харчових технологій та екології

Чехія

Університет Градец Кралове